Trong dòng trò chơi Pokémon chính trên các thiết bị cầm tay của Nintendo, từ phiên bản đầu tiên Pokémon Red và Blue vào năm 1995 đến bản Pokémon Sun và Moon vào năm 2016, mọi thứ được bắt đầu trong một vùng đất hư cấu trong thế giới của Pokémon, và bắt đầu bằng việc người chơi nhận được Pokémon khởi đầu từ giáo sư Pokémon của vùng đó. Bằng việc đi khắp mọi nơi, thu phục và tiến hóa Pokémon, sức mạnh các pokémon của người chơi ngày càng được tăng lên. Mục đích khác của mỗi game là đánh bại các tổ chức tội phạm đang cố gắng lạm dụng Pokémon để thống trị thế giới như Đội Hỏa Tiễn (Team Rocket), Đội A-qua (Team Aqua), Đội Mắc-ma (Team Magma), Đội Galatic (Team Galatic), Đội Plasma (Team Plasma), Đội Flare (Team Flare), Đội Skull (Team Skull).

Nhiều công trình có thể tìm thấy thông qua thế giới Pokémon như Trung tâm Pokémon (Pokémon Center), Cửa hàng Poké (PokéMart), và các Nhà thi đấu (Gym). Trung tâm Pokémon sẽ chữa trị cho Pokémon của người chơi miễn phí, và trong mỗi Trung tâm sẽ có một PC nơi người chơi có thể sắp xếp bộ sưu tập Pokémon của mình, lưu trữ và lấy vật phẩm (item). Tại đây, người chơi cũng có thể kết nối với các phiên bản Pokémon khác để chiến đấu hoặc trao đổi (kể từ Gold/Silver, tầng hai đã được thêm vào trong tất cả các Pokémon Center cho mục đích này, tuy nhiên tầng hai bị loại bỏ trong X và Y vì đã có chức năng "Player Search"). Cửa hàng Poké là nơi người chơi có thể mua vật phẩm với số tiền thắng được trong chiến đấu; mỗi thành phố có thể có cửa hàng khác biệt. Nhiều thị trấn chứa Nhà thi đấu (Gym), dẫn đầu bởi những nhà huấn luyện mạnh gọi là Gym Leader. Chiến thắng anh ấy/cô ấy giúp người chơi nhận được một huy chương (Gym Badge) và tiếp tục hành trình. Sau khi thu thập được 8 Gym Badge, người chơi có thể khiêu chiến Tứ Thiên Vương và quán quân của vùng; đánh bại quán quân sẽ hoàn thành cốt truyện chính.

Hoàn thành cốt truyện chính mở ra các lựa chọn khác; chủ yếu là cho phép người chơi đi tới những nơi chưa thể tới được nếu chưa hoàn thành. Sau đó, trò chơi giữ nguyên kết thúc mở, với mục tiêu lớn là hoàn thành Pokédex. Trừ trò chơi của Thế hệ I và II, một khi đã bắt được tất cả các Pokémon trong vùng, người chơi có thể nâng cấp Pokédex của mình lên thành National Pokédex, với mục tiêu mới là bắt tất cả Pokémon từ dòng trò chơi trước (từ Bulbasaur với Pokémon cuối cùng của Pokédex thế hệ đó, trừ một số Pokémon chỉ có thể có được nhờ sự kiện như Jirachi và Hoopa). Số lượng Pokémon tăng lên với mỗi thế hệ game, bắt đầu từ 151 ở bản đầu tiên tới 807 ở bản Sun và Moon.

Pokémon khởi đầu / Pokémon khởi hành

Mỗi khi mới bắt đầu chuyến phiêu lưu trong bất kì phiên bản Pokémon chính thức nào, người chơi sẽ được lựa chọn một trong ba Pokémon thuộc ba hệ khác nhau (hệ Cỏ, hệ Lửa và hệ Nước) để làm người bạn đầu tiên của mình trong cuộc hành trình. Mỗi vùng khác nhau trong trò chơi đều có những Pokémon khởi đầu khác nhau của riêng vùng đó. Người chơi không thể bắt gặp và sỡ hữu các Pokémon khởi đầu trong trò chơi ngoài tự nhiên trừ khi trao đổi với phiên bản game khác.

Pokémon Yellow là một phiên bản ngoại lệ khi mà người chơi chỉ được chọn duy nhất Pokémon khởi đầu là Pikachu thuộc hệ Điện, giống như trong phim hoạt hình. Ngoài ra người chơi cũng có thể nhận được tất cả các Pokémon khởi đầu trong bản Red & Blue từ NPC trong quá trình chơi.

Nhà thi đấu Pokémon

Nhà thi đấu Pokémon (Pokémon Gyms, ポケモンジム?, Pokemon Jimu) là những công trình đặt ở khắp nơi trên thế giới Pokémon, nơi người chơi có thể luyện tập với các Pokémon mạnh để lấy quyền tham dự liên đoàn Pokémon. Hầu hết các Gym đều tập trung vào một hệ của Pokémon, và dẫn đầu bởi Gym Leader (ジムリーダー, Jimu Rīdā), nhà huấn luyện mạnh nhất. Pokémon Gyms có thể được tìm thấy ở hầu hết các thành phố và thị trấn trong thế giới Pokémon.

Sau khi Gym Leader chính thức bị đánh bại, người thách đấu được nhận một Huy hiệu (Badge, バッジ, Bajji), giống như một bằng chứng cho kĩ năng của nhà huấn luyện và là yếu tố quan trọng của cốt truyện. Sau khi người chơi đánh bại 8 Gym Leader, anh ấy/cô ấy có thể đi tới nơi tổ chức liên đoàn Pokémon của game và Tứ Thiên Vương (Elite Four, 四天王, Shitennō) và nhà vô địch liên đoàn Pokémon của vùng, chiến thắng trò chơi.

Island Trials

Trong Sun, Moon, Ultra Sun, và Ultra Moon, không hề có nhà thi đấu hay Thủ lĩnh nhà thi đấu. Thay vào đó, người chơi phải hoàn thành nhiều "thử thách" khác nhau được đua ra bởi các nhân vật được gọi là Đảo Vương. Một thử thách thường đưa ra cho người chơi một nhiệm vụ mà họ phải hoàn thành để triệu hồi Pokémon Totem, phiên bản mạnh hơn của một loài Pokémon nhất định. Khi người chơi đã triệu tập và đánh bại Pokémon Totem, họ sẽ nhận được Viên đá Z, một vật phẩm cho phép Pokémon sử dụng các chiêu thức mạnh mẽ được gọi là "Z-Moves". Hoàn thành tất cả các thử thách trên một hòn đảo cho phép người chơi thách thức "kahuna" (Đảo Vương) của hòn đảo đó trong một trận chiến Pokémon tiêu chuẩn. Người chơi có thể thách đấu Pokémon sau khi họ đã hoàn thành cả bốn Thử thách lớn. Sau khi đánh bại Elite Four, người chơi có thể bảo vệ danh hiệu của mình với tư cách là Nhà vô địch bằng cách đánh bại một kẻ thách thức.